Видео: BAM индекс файл гэж юу вэ?
2024 Зохиолч: Lynn Donovan | [email protected]. Хамгийн сүүлд өөрчлөгдсөн: 2023-12-15 23:50
А BAM файл (. бам ) нь SAM-ийн хоёртын хувилбар юм файл . SAM файл (. sam) нь табаар тусгаарлагдсан текст юм файл Энэ нь дарааллын тохируулгын өгөгдлийг агуулдаг. Индексжүүлэх : IGV нь SAM болон хоёуланг нь шаарддаг BAM файлууд байрлалаар нь ангилах ба индексжүүлсэн , мөн тэр нь индекс файлууд тодорхой нэрлэх дүрмийг дагаж мөрдөөрэй.
Үүнтэй адил хүмүүс BAM файлыг хэрхэн нээх вэ гэж асуудаг.
Аас Файл цэс сонгох Нээлттэй болон сонгох BAM файлууд зүүн талаас. Баруун талд Add a гэсэн товчлуурыг сонгоно уу BAM файл . руу шилжих БАМ Туршилт Файлууд татаж авсан фолдерыг_index_with_graph сонгоно уу. дарна уу Нээлттэй , газрын зураг сонгоно уу.
Хоёрдугаарт, би BAM файлыг Fastq руу хэрхэн хөрвүүлэх вэ? BAM файлыг FASTQ формат руу хөрвүүлэх алхмуудыг доор харуулав. Энэ нь Линукс дээр ажиллах бөгөөд SAMTOOLS болон BEDTOOLS шаардлагатай
- SAMTOOLS татаж авах.
- Command tar xzvf samtools-version.tar.bz2 ашиглан задлах.
- Энэ нь samtools-version нэртэй хавтас үүсгэх болно.
- CD samtools-version лавлах руу шилжинэ үү.
Үүний нэгэн адил, би хэрхэн BAM файлыг SAM файл руу хөрвүүлэх вэ?
руу SAM хөрвүүлэх руу БАМ , бид samtools view командыг ашигладаг. Бидний оруулсан зүйл байгаа гэдгийг бид зааж өгөх ёстой SAM формат (анхдагчаар энэ нь хүлээж байна БАМ ) -S сонголтыг ашиглан. Бид бас гарцыг хүсч байгаагаа хэлэх ёстой БАМ (анхдагчаар энэ нь үйлдвэрлэдэг БАМ ) -b сонголттой.
Samtools view юу хийдэг вэ?
Samtools нь BAM форматаар зэрэгцүүлэн тохируулах хэрэгслүүдийн багц юм. Энэ нь SAM (Sequence Alignment/Map) форматаас импортлох, экспортлох, хийдэг эрэмбэлэх, нэгтгэх, индексжүүлэх, аль ч бүс нутгаас уншсан мэдээллийг хурдан авах боломжийг олгодог. Samtools урсгал дээр ажиллах зориулалттай.
Зөвлөмж болгож буй:
Java хэл дээрх хязгаарлагдмал үл хамаарах индекс гэж юу вэ?
Хязгаарлалтаас гарсан индекс. Index Out of Bound Exception нь ажиллах үеийн алдааны үед гарч ирдэг шалгагдаагүй онцгой тохиолдол юм. Энэ нь кодын арга руу хүчингүй параметр дамжуулагдсанаас болж үүсдэг. Java Compiler програмыг эмхэтгэх явцад алдааг шалгадаггүй
DBMS дахь хоёрдогч индекс гэж юу вэ?
Хоёрдогч индекс нь хайлтын түлхүүр нь файлын дараалсан дарааллаас өөр дарааллыг зааж өгдөг индексжүүлэх арга юм. Кластерын индексийг захиалгын өгөгдлийн файл гэж тодорхойлдог. Олон түвшний индексжүүлэлт нь үндсэн индекс санах ойд багтахгүй үед үүсдэг
Kibana индекс гэж юу вэ?
Elasticsearch дахь кибана индекс хараахан байна. Энэ индекс нь таныг Кибана серверийг эхлүүлэх үед үүсдэг. Энэ үед индекс нь хоёр төрлийн баримт бичгийг агуулна: config, яг нэг баримтыг агуулсан. 0) бөгөөд энэ нь таны ажиллуулж буй Кибана-н бүтээх дугаарыг (жишээ нь 8467) агуулсан buildNum талбартай
Гүйлгээний файл ба мастер файл гэж юу вэ?
Тодорхойлолт: гүйлгээний файл. гүйлгээний файл. Гүйлгээний бүртгэлийн цуглуулга. Мэдээллийн гүйлгээний файлууд нь байгууллагын субьектууд (үйлчлүүлэгч, ажилчид, борлуулагч гэх мэт) мэдээллийг агуулсан мастер файлуудыг шинэчлэхэд ашиглагддаг
SQL дээр индекс ба үүсгэх индекс гэж юу вэ?
SQL CREATE INDEX мэдэгдэл. CREATE INDEX хэллэг нь хүснэгтэд индекс үүсгэхэд хэрэглэгддэг. Өгөгдлийн сангаас өгөгдлийг бусадтай харьцуулахад илүү хурдан авахын тулд индексүүдийг ашигладаг. Тэмдэглэл: Индекстэй хүснэгтийг шинэчлэх нь хүснэгтгүйгээр шинэчлэхээс илүү их цаг зарцуулдаг (учир нь индексүүдийг шинэчлэх шаардлагатай байдаг)